То,что цвет оказывает воздействие на деятельность Центральную нервную систему, в свете вышеизложенных экспериментальных данных является несомненным. Однако в отличие от вегетативной нервной системы, на которую цвет оказывает безусловное воздействие, взаимосвязь между цветом и центральной нервной системой (ЦНС) человека представляет более сложную картину. Если для ВНС цвет — это, прежде всего, кванты энергии, поступающие в организм из внешнего мира, то для ЦНС, цвет, если можно так выразиться, — и квант информации об окружающем мире.

Благодаря определенным отделам ЦНС, у человека формируются цветовые ощущения, а интегративная деятельность ЦНС обеспечивает функционирование цветового восприятия и более сложные формы обработки информации. Специфические поражения Центральной нервной системы могут привести к потере человеком способности воспринимать цвета частично или полностью, т.н. цветовой агнозии . Различают собственно цветовую агнозию и цветовую слепоту или дефекты цветоощущения. Собственно цветовая агнозия не исключает цветоощущения и правильного различения отдельных цветов. Но больные с цветовой агнозией неспособны, решать задачи по цветовой классификации, предметной отнесенности цвета. Например, они не могут сказать, какой цвет у апельсина, морковки и т.д. Цветовая агнозия имеет центральное происхождение. При цветовой слепоте наблюдается либо тотальное, либо парциальное отсутствие цветоразличения. Этот дефект может иметь как периферическое происхождение (поражения сетчатки), так и центральное, в частности, при поражении 17 поля затылочной коры головного мозга. Таким образом, воздействие цвета на Центральную нервную систему, с одной стороны, опосредовано деятельностью ее цветового анализатора, (специфический информационный канал), а с другой — ВНС (неспецифический энергетический канал).