Применениесистемного анализа тех или иных явлений с целью выяснить взаимодействие различных подсистем может дать значительно больше, чем только одни аналитические методы при изучении частных процессов.

По мнению П.К. Анохина, «функциональная система является первичной формой интеграции, для которой характерны такие свойства и типы функционирования, каких нет у отдельных частей органов и в обособленных процессах». Благодаря системному анализу, являющемуся своеобразным «логико-методологическим инструментом» изучения различных сложных процессов, удается объяснить механизм качественно новых свойств целого (системы), отсутствующий у его частей (подсистем и их звеньев).

Система, обеспечивающая адаптированную психическую деятельность, как и любая другая функциональная система, представляет собой определенную совокупность подсистем, соединенных относительно жесткими связями. Число свойств каждой сложной системы неограниченно велико. Как отмечают Р. Акофф и Ф. Эмери , для каждого конкретного исследования существенны лишь некоторые из них; при этом «существенность тех или иных свойств может меняться с изменением цели исследования. Совокупность значений существенных свойств образует состояние системы». Это замечание имеет важное значение при разработке подходов к системному анализу состояний психической адаптации и дезадаптации. Речь идет о выборе наиболее существенных подсистем, определяющих психическую адаптацию и формирующих, по выражению П.К. Анохина, «качественно очерченную» деятельность целостного организма.

Организм человека «представляет собой такую динамическую систему, в которой одни и те же морфофизиологические подсистемы и структуры могут обеспечивать множество функций и приспособительных процессов».

Система психической адаптации характеризуется многоплановостью самоорганизующихся подсистем, находящихся между собой как в ассоциативно дополняющих, так и во взаимно конкурирующих отношениях. Эти подсистемы имеют неодинаковое значение в общей иерархии подсистем, отличаются разной степенью сложности своего структурного построения (включая и разное число ведущих звеньев, которые определяют их деятельность), различными возможностями автономной активности, своеобразием взаимозависимости и взаимообусловленности. Поэтому структура системы психической адаптации (как и любой другой сложноорганизованной системы) не может быть объяснена, если исходить из статистических отношений составляющих ее элементов. Эти системы нуждаются не в математически однозначном, а в вероятностном описании .

Изучение функциональной биологической системы, как известно, способствует выявлению единства отдельных ее механизмов, обычно рассматриваемых изолированно. Небезынтересно отметить, что еще в 1932 г. И.П. Павлов писал: «Человек есть, конечно, система (грубее говоря — машина), как и всякая другая в природе, подчиняющаяся неизбежным и единым для всей природы законам; но система, в горизонте нашего современного научного видения, единственная по высочайшему саморегулированию. Разнообразно саморегулирующиеся машины мы уже достаточно знаем между изделиями человеческих рук.

С этой точки зрения метод изучения системы — человека тот же, как и всякой другой системы: разложение на части, изучение значения каждой части, изучение связи частей, изучение соотношения с окружающей средой и в конце концов понимание, на основании всего этого, ее общей работы и управление ею, если это в средствах человека. Но наша система в высочайшей степени саморегулирующаяся и даже совершенствующаяся». Это подчеркивает Й. Лингарт в обширном исследовании поведения человека с учетом структурно-функциональной системной основы психической деятельности. Психической системой следует считать «интеграцию» упорядоченных единиц психической деятельности, возникающих на основе взаимодействия индивида с его средой».